《琼林玉树图歌》原为沪上大收藏家戚叔玉（1912—1990）旧藏，钤有“叔玉审定”、“戚叔玉氏珍护”等鉴藏印。戚叔玉以收藏金石碑帖及书画古籍闻名海内，生前曾向上海博物馆、西泠印社等机构捐赠碑帖、书画、古籍、印谱、文玩等数千件之多，其中不乏名迹重器。2006年，上海博物馆出版了《戚叔玉捐赠目录》，仅文字著录竟达四百多页。戚氏虽以实业起家，但笃好书画，后来成为著名的书画篆刻家和书法史学者，故其鉴赏能力极高。戚叔玉原藏有至少两件祝允明作品，其中一件为捐献上海博物馆的草书长卷《牡丹赋》，此卷长8米有余，1000多字，笔法精熟，恣肆纵逸，夺人心魄。上海博物馆将《牡丹赋》与祝允明另一草书长卷《落花诗》视为镇馆之宝，非重要展事不轻易露面。而戚叔玉把《牡丹赋》捐出，却将《琼林玉树图歌》和其他少数珍爱之物留存“蒲石居”，可见在其心目中《琼林玉树图歌》较《牡丹赋》更为重要，或曰更堪赏玩。

　　《琼林玉树图歌》的收藏次序也极为清晰。从明末清初始，此帖即先后由山东东昌名门望族任氏及邓氏收藏。东昌在明初为府，清代辖境相当于今山东聊城、冠县、高唐、莘县等县和临清、平原、武城等县部分地区，自元以来，为南北漕运要冲。帖前钤有“任彦昉印”、“龙阶柳轩”二印，任彦昉为康熙十一年（1672年）举人，东昌府聊城县北坝人，其父任克溥（1614—1703），字海眉，顺治四年（1647）进士，官至刑部侍郎，以清正敢言而极有政声，其轶事至今流传于聊城民间，晚年因在家乡接驾康熙南巡有功，赐尚书衔。任彦昉为清初著名收藏家，“龙阶柳轩”即其斋号。此帖后归同城邓氏，并留有邓氏祖孙三代的印记。邓基哲，字骞之，号峄亭，斋名“帆影楼”。《琼林玉树图歌》前有“邓基哲印”、“骞之”两方印，后有“古东邓氏峄亭珍藏”印。邓钟岳，邓基哲子，字东辰，斋名“悔庐”、“寒香阁”。康熙六十年（1721）状元，官至礼部左侍郎。《清代状元谱》称其中状元后授翰林院修撰，雍正元年（1723）出任江南乡试副主考，四年出任江南学政，七年改任广东学政，八年六月升为内阁学士，十一年四月升礼部侍郎，乾隆元年（1736）又出任江南学政，至六年还朝，迁通政使，次年任礼部右侍郎，九年出任江南乡试主考，迁礼部左侍郎，十三年四月致仕。又称其为官敢作敢为，在江南学政任上，主持院试时，曾破格提拔史可法的孙子，为时人所称道。并称其工诗，诗风温厚和平，有《昨非录》、《寒香阁诗集》传世。《琼林玉树图歌》后有“邓钟岳印”、“东辰”二印。邓汝功，又名汝勤，为邓钟岳子。字谦持，号午厓，斋名“密娱乐斋”。1775年末名进士，未及授官而卒。帖后钤有“邓汝勤印”、“谦持”二印。可见此册为邓氏三代珍护，邓基哲还于康熙二十八年己巳（1689），请当时名士周而衍题跋尾。

　　周而衍，字东会，号白云居士，明末清初江苏金坛人。周氏为著名诗人兼书家，与清初的一些重要书画家多有往来，诗词题跋屡见于存世书画作品，王翚《清晖赠言》即收录有周氏题赠诗作。周而衍跋《琼林玉树图歌》云：“往见黄鲁直书子瞻《定慧院海棠诗》，今枝山此卷，诗与字皆用其法……书则欲青于蓝，其烂漫圆厚处，即子瞻得意时殆难过也。而自谓得法于赵，其实子昂岂能望见枝山耶。”以周而衍的跋文书法所展现的“专业水准”来看，此跋绝非溢美之词。“子瞻（苏轼）得意时殆难过也”、“子昂（赵孟頫）岂能望见枝山耶”，已充分定位了《琼林玉树图歌》之于祝允明存世书作乃至“历代名家墨迹”的重要价值。